对于员工能力突出但总是与老板作对的情况，作为管理者，需要综合考虑以下几个因素来做出决定：

1. 团队协作性：员工与老板之间的合作关系对团队的整体氛围和效率产生重大影响。如果这位员工的作对行为导致团队内部紧张局势和不和谐氛围，可能会影响整体团队的表现。

2. 沟通与解决问题能力：重要的是要了解员工作对的原因，是否是沟通不畅或是其他问题所致。若员工缺乏有效沟通和问题解决能力，建议进行沟通培训或对话，协助其改善与老板沟通并解决分歧。

3. 影响力与带动力：能力突出的员工对团队的业绩和发展可能有着积极的影响力。如果这位员工在工作中展现出很强的带动力，对团队的贡献远大于与老板作对带来的负面影响，可以考虑留用并引导改变行为。

4. 团队价值观一致性：员工个人价值观与公司、团队的核心价值观是否一致也是需要考虑的因素。若员工的行为违反了公司的核心价值观，可能会影响整个团队的稳定和文化。

5. 反馈与规范：及时给予员工针对性的反馈和建议，明确表达不认同的行为，并规范相关行为。通过指导和辅导，帮助员工理解其行为对团队带来的影响，促使其做出积极调整。

在评估完以上因素后，如果员工能力突出并且愿意改进并持续为团队做出贡献，可以考虑通过沟通、培训和引导帮助其改正不良行为，实现团队协作共赢。然而，如果员工的行为严重破坏了团队的和谐氛围和业绩表现，可能需要采取相应的管理措施，包括调整岗位、提出警告或解雇等。