菲律宾永恒大学研究生院开设教育学博士（PhD）、工商管理博士（DBA）和公共管理（DPA）三个专业的研究型博士课程。本课程学制两年，每年1月、5月和7月三次入学，累计学习时间约190天。研究型博士更注重学术研究能力和学术研究成果，课程数量相对较少，授课内容均为学术研究方法、学术论文撰写方法等应用性课程。

本课程学制两年，学生可在两年内修满学分、完成论文答辩、授予博士学位。相比于国内博士的4~5年学制，学习效率却提升1倍以上。

目前疫情是不出国学习，具体要看什么时候疫情结束，等教育部通知。

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就读菲律宾永恒大学研究生期间学生需与导师密切沟通，共同探讨学术研究计划（Research Proposal）、落实专业研究方向、确认学术研究课题、撰写学术论文并递交至学术委员会审核。每学期休课期间，学生应按照导师指导的研究方法和研究计划回国撰写学术论文相关章节。研究生院倡导“学以致用”，鼓励课题研究方向立足于学生工作领域和职业发展方向。通过综合考试（Comprehensive Examination）和论文答辩（Final Defense），研究生院院长签署课题研究证明心，授予永恒大学博士学位。