药剂学灭菌是灭菌制剂生产过程中最主要的单元操作之一，是指利用物理、化学或其他适宜方法杀灭或除去物料中一切活的微生物的方法。微生物包括细菌、真菌、病毒等，不同微生物对灭菌的抵抗力不同，灭菌效果也不同；细菌的芽胞具有较强的抗热能力，不易杀死，因此灭菌效果常以杀灭芽胞为标准。

由于灭菌的对象是药物制剂，许多药物不耐高温，因此药剂学中选择灭菌方法与微生物学上的要求不尽相同，不但要求达到灭菌完全，而且要保证药物的稳定性，在灭菌过程中药剂的理化性质和治疗作用不受影响。

灭菌：是用物理或化学方法杀灭或除去一切微生物（包括致病和非致病的微生物）繁殖体及其芽胞，以获得无菌状态的过程。

消毒：用物理或化学手段杀灭病原微生物的过程。

防腐：用低温或化学药品防止和抑制微生物生长和繁殖的过程，也称“抑菌”。

无菌：指没有任何活的微生物存在。但由于不存在绝对无菌的环境，故无菌状态仅指用现行的方法检查结果呈阴性的状态。