跨部门协作是组织内不同部门之间合作和协调的过程，虽然有利于整体工作的顺利推进和业务目标的实现，但也会面临一些问题和困难，主要包括以下几个方面：

1. 沟通障碍：不同部门之间可能存在信息传递不及时、交流不畅、沟通方式不统一等问题，导致信息不对称、误解和冲突，影响跨部门协作效率。

2. 权责模糊：跨部门协作可能涉及多方利益关系和权责边界不清晰的情况，导致责任落实不到位、决策效率低下等问题。

3. 目标一致性：不同部门可能有各自的业绩目标和工作重心，目标之间的协调和一致性需要有效管理，避免出现各自为政、各行其是的情况。

4. 资源分配：跨部门协作涉及资源共享和协调分配，资源不足或资源争夺可能导致资源优先级无法达成一致，进而影响协作效果。

5. 文化差异：不同部门可能有不同的文化背景、价值观和工作习惯，跨部门协作需要克服文化差异，建立良好的合作氛围。

6. 决策困难：涉及多个部门的决策可能需要多方协商、妥协和权衡，决策过程复杂耗时，容易出现僵局和无法达成共识的情况。

为了解决跨部门协作中存在的问题和困难，可以采取以下对策措施：

1. 明确沟通渠道：建立定期沟通机制，明确沟通渠道和方式，促进信息共享和交流。

2. 明确权限与责任：明确各部门的权限范围和责任，建立协作机制，落实跨部门协作责任。

3. 明确目标：制定明确的跨部门协作目标和指标，促使不同部门朝着共同目标努力，增强协作意识。

4. 资源协调：建立资源共享和协调机制，优化资源配置，避免资源浪费和争夺。

5. 建立协作文化：倡导开放、相互尊重的工作文化，鼓励合作和分享，提升团队凝聚力和归属感。

通过有效应对以上问题和困难，加强跨部门协作，能够促进各部门间的协作合作，实现资源共享、优势互补，推动整体业务的发展和实现组织目标。